- comptabilise définitivement les dépenses (à l'exception des rémunérations principales des personnels titulaires) et les recettes de l'université,
- paye les dépenses de l'université et encaisse les recettes,
- exerce au préalable un contrôle a priori de la régularité et la validité de ces opérationsassure le maniement et la conservation des fonds et la conservation des pièces justificatives et des documents comptables,
- l'agent comptable a également une mission de conseil auprès des ordonnateurs.

Ces missions ont été définies dans le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique ; elles sont exercées dans le contexte des principes attachés aux fonctions de comptable public : responsabilité personnelle et pécuniaire et indépendance.